“Resting-state fMRI functional connectivity” 

Análisis de datos de conectividad funcional obtenidos en fMRI en estado de reposo mediante métodos ICA y seed-based.

 Javier González-Rosa; Alvaro Javier Cruz Gómez

17 y 18 de Junio. Universidad de Santiago de Compostela (USC).

Lugar de celebración del taller: Laboratorio docente de “Psicoloxía do Desenvolvemento e Intervención Psicoeducativa”.

Facultad de Psicología, Módulo A, Planta -2.

 

Lunes, 17 de Junio de 2019

9:00-18:00 h

    • Recepción, entrega de material, descarga e instalación de programas y chequeo.
    • Módulo 1:
      • Fundamentos teóricos de la Resonancia Magnética funcional (RMf) y Conectividad Funcional (CF) en estado de reposo (resting-state).
      • Formato de imágenes de RMf y conversión (programa MRICONVERT).
      • Organización de imágenes (programa MRICRON).
      • Visualización y reorientación de imágenes.
    • Módulo 2:
      • Preprocesado de imágenes para el Análisis de Componentes Independientes (ICA, programa DPARSFA).
      • Estimación y Extracción de Componentes (programa GIFT).
      • Visualización e identificación de redes.
      • Interpretación.
    • Módulo 3:
      • Análisis estadístico o de segundo nivel (programa SPM-12).
      • Diseños factoriales: one-sample t-test, two-sample t-test, ANOVA, correlación.
      • Interpretación y representación espacial de resultados obtenidos.

 

Martes, 18 de Junio de 2019

9:00-18:00 h

  • Módulo 4:
    • Introducción al análisis de Conectividad Funcional basado en semilla (Seed-Based FC Analysis).
    • Tipología de Seed-Based FC Analysis (ROI to ROI / ROI to voxel).
    • Preprocesado de imágenes para Seed-Based FC Analysis (programa DPARSFA).
  • Módulo 5:
    • Análisis estadístico (ROI to ROI / ROI to voxel). Programa SPM 12.
    • Interpretación y representación de resultados obtenidos.

 

MATERIAL NECESARIO PARA EL SEMINARIO

Cada alumno/a deberá asistir con su portátil. Es imprescindible haberse descargado y correctamente instalado los siguientes programas y toolboxes:

El Workshop está pensado para ser usado bajo el entorno del sistema operativo Windows (preferiblemente de 64 bits), por lo que no se asegura que funcione en MAC.

  • MATLAB (licencia instalada, preferiblemente desde versión 2014b hasta la más actual).
  • SPM12 (asegurar de seleccionar la versión 12, y rellenar campos posteriores para que permita la descarga)

https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/download/#download

  • DPABI (a toolbox for Data Processing & Analysis for Brain Imaging)

http://rfmri.org/content/dpabi-download

  • GIFT (Group ICA Of fMRI Toolbox). Pinchar en el link, seleccionar “download” en la parte izquierda de la web, y rellenar un breve formulario y después seleccionar GroupICAT v4.0b)

http://mialab.mrn.org/software/gift/#

  • MRICRON: en la pestaña desplegable, seleccionar la siguiente descarga.

https://www.nitrc.org/frs/download.php/9323/win.zip

  • MRICONVERT: en “Installation”, elegir la opción de Windows.

http://old-lcni.uoregon.edu/~jolinda/MRIConvert/

  • XJVIEW: el primer link es para descarga directa, el segundo para descargar tras rellenar formulario con e-mail propio.

http://www.alivelearn.net/xjview/download-link/

http://www.alivelearn.net/xjview/download/

– Una vez descargados todos los programas, recomendamos crear una carpeta en vuestro equipo en C: llamada “00_Programas_Workshop”. En esta carpeta descomprimir todos los archivos .zip de los diferentes programas descargados.

Una vez descomprimidos, debemos abrir nuestro MATLAB y en la opción “Set Path” pinchar en “AddwithSubfolders…” y seleccionar las siguientes carpetas (darle a “Save” y luego “Close”):

  1. spm12
  2.  DPABI_V2.1_16415
  3.  GroupICATv4.0b
  4.  Xjview96

– Recomendamos encarecidamente que los asistentes al curso prueben a ejecutar los diferentes programas una vez instalados y/o añadidos al Path de Matlab. Para ello, basta con abrir el Matlab y teclear en la ventana de comandos:

  • spmfmri (debería abrirse el spm12).
  • dpabi (debería abrirse el DPABI).
  • gift (debería abrirse el GroupICATv4.0b)
  • xjview (debería abrirse el xjview).

Los programas MRICRON y MRICONVERT son autoejecutables y no hace falta añadirlos al Path del Matlab. Una vez descomprimidos, recomendamos crear un acceso directo del ejecutable de estos programas y trasladarlo al escritorio para una accesibilidad más fácil durante el desarrollo  del  curso.  También  recomendamos  probar  a  ejecutar  estos  programas  para confirmar su correcto funcionamiento. Todo esto con el objetivo de comenzar el Workshop sin retrasos y poder impartir todos los contenidos incluidos.

– Por último, durante el curso, a todos los alumnos se les administrará una carpeta con imágenes de Resonancia Magnética para poder trabajar con los diferentes programas.

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